Para criar um atalho de um pacote extraído apenas para um diretório, como é o caso do eclipse (que não se usa instalador), pode-se fazer o seguinte:

#Crie um link simbólico para a pasta de executáveis
$ sudo ln -s /opt/eclipse/eclipse /usr/bin/eclipse

#Crie o ícone para o eclipse
$ sudo touch /usr/share/applications/eclipse.desktop
$ sudo nano /usr/share/applications/eclipse.desktop

#Escreva no arquivo o seguinte texto:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Eclipse
Comment=Eclipse
Type=Application
Terminal=false
Exec=/usr/bin/eclipse %U
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
StartupNotify=true
Categories=Development;


Salve o arquivo e confirme.
Agora o pacote aparece na lista de programas!